药物治疗是治疗慢性前列腺炎的重要手段，它方便、有效，是医生的首选治疗方法。其中合理用药是必须始终牢记的原则，它包括选用对细菌敏感的抗生素，辨证施治的中医药或中成药辅助治疗，以及改善症状的解痉剂运用。

　　现在临床上抗生素形形色色有十几个品种，但均有其针对性较强的菌种，在条件允许的情况下应做细菌培养和药敏试验，根据药敏试验或细菌培养的结果选择合适的抗生素。例如革兰阴性菌大肠杆菌感染，可选用先锋类或头孢类抗生素，而衣原体感染可选用交沙霉素，支原体、衣原体混合感染可选用阿奇霉素类；革兰阳性细菌感染可选用青霉素类抗生素，对于滴虫性慢性前列腺炎，灭滴灵是首选的抗生素。